Struktur organisasi serta fungsi dari masing-masing jabatan, diatur didalam Keputusan Kepala Badan Kepegawaian Negara No. 59/KEP/2001, tanggal 27 agustus 2001.

I. Kepala
Fungsinya :
Kepala kantor Regional BKN mempunyai tugas membantu Kepala BKN dalammenyelenggarakan administrasi dan manajemen kepegawaian pegawai negeri sipil pusat dan daerah di wilayah kerjanya, melaksanakan koordinasi dan kerja sama di bidanga kepegawaian dengan pemerintah daerah, instansi vertical, dan instansi pusat yang berada di daerah di dalam wilayah kerjanya,serta memberikan laporan secara berkala dan sewaktu-waktu kepada kepala BKN.

II. Bagian Umum
Bagian umum mempunyai tugas melaksanakan pelayanan teknis dan administrasi bagi seluruh satuan organisasi Kanreg III BKN, dimana tugas-tugasnya antara lain melakukan :
a. Penyusunan rencana dan program
b. Pengelolaan administrasi keuangan
c. Pengelolaan administrasi kepegawaian
d. Pengelolaan tata usaha kantor, dokumentasi dan kehumasan, serta perlengkapan dan rumah tangga.
Bagian umum terdiri dari :
a. Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
b. Sub Bagian Kepegawaian
c. Sub Bagian Tata Usaha dan Rumah Tangga


III. Bagian Mutasi
Bagian mutasi mempunyai tugas melaksanakan pemberian pertimbangan teknis mutasi kepegawaian kepada pejabat Pembina kepegawaian daerah dan pejabat instansi pusat yang berwenang di daerah dan menetapkan kenaikan pangkat anumerta, pengabdian, di wilayah kerjanya.

Bidang mutasi terdiri dari :
a. Seksi administrasi mutasi
b. Seksi Mutasi I
c. Seksi mutasi II
d. Seksi mutasi III
Seksi administrasi mutasi mempunyai tugas melakukan urusan tata usaha dan administrasi mutasi sementara ketigaseksi mutasi lainnya bertugas melakukan penelitian persyaratan dan penyiapan bahan pertimbangan mutasi bagi Pegawai Negeri Sipil Daerah untuk menjadi juru muda tingkat I golongan ruang I/b sampai dengan Pembina utama golongan ruang IV/edan begitu juga dengan pegawai negeri sipil pusat. Serta penyiapan bahan penetapan kenaikan pangkat anumerta dan pengabdian bagi Pegawai Negeri Sipil Pusat dan penyiapan pertimbangan teknis peninjauan masa kerja bagi Pegawai Negeri Sipil Pusat dan Daerah.

IV. Bagian Status Kepegawaian dan Pensiun
Bagian ini mempunayi tugas melaksanakan penyiapan penetapan Nomor Induk Pegawai Ngeri SIpil, kartu pegawai, kartu istri/suami, pemberhetian dan pemberian pension bagi PNS Pusat dan janda/dudanya dan penyiapan pertimbangan teknis bagi PNS Daerah dan janda/dudanya yang telah mencapai batas usia pension serta penyiapan pertimbangan status kepegawaian lainnya :
Bagian Status Kepegawaian dan Pensiun terdiri dari :
a. Seksi Administrasi Status Kepegawaian dan Pensiun
b. Seksi Status Kepegawaian
c. Seksi Pensiun I dan Seksi Pensiun II
V. Bagian Informasi dan Kepegawaian
Bidang Informasi kepegawaian mempunyai tugas melaksanakan sistem informasi kepegawaian PNS pusat dan daerah dan memfasilitasi pengembangan sistem informasi kepegawaian pada instansi daerah di wilayah kerjanya.
Bidang informasi kepegawaian menyelenggarakan fungsi :
a. Penyiapan data masukan hasil mutasi kepegawaian
b. Pelaksanaan penyuntingan dan penyandian data kepegawaian
c. Pelaksanaan pengolahan data kepegawaian
d. Penyelenggaraan sistem kepegawaian dan pertukaraninformasi
e. Pelaksanaan pengembangan sistem informasi kepegawaian
f. Pengelolaan arsip kepegawaian
Bidang informasi kepegawaian terdiri dari :
a. Seksi penyiapan dan pengelolaan data kepegawaian I
b. Seksi penyiapan dan pengelolaan data kepegawaian II
c. Seksi pengolahan data kepegawaian
d. Seksi Penyajian dan Pertukaran Informasi

VI. Bagian Bimbingan Teknis dan Kepegawaian
Bagian bimbingan teknis kepegawaian mempunyai tugas melaksanakan bimbingan teknis kepegawaian an diklat kepegawaian, melakukan pengawasan kompetensi jabatan, dan penedalian pemanfaatan lulusan dikalt PNS pusat maupun daerah.
Bagian bimbingan teknis kepegawaian menyelenggarakan fungsi :
a. Pemberian bimbingan dan petunjuk teknis kepegawaian
b. Perencanaan kebutuhan dikalt
c. Penyiapan penyelenggaraan diklat kepegawaian
d. Penyiapan kerja sama, monitoring, dan pengemdalian pemanfaatan diklat
e. Pengawasan standar kompetensi jabatan
f. Koordinasi dengan aparat pengawasan fungsional bidang kepegawaian
g. Pengawasan dna pengedalian kinerja dan disiplin PNS di lingkungan Kareg III BKN
Bidang bimbingan teknis terdiri dari :
a. Seksi Bimbingan Teknis Kepegawaian I
b. Seksi Bimbingan Teknis Kepegawaian II
c. Seksi Pengembangan Kepegawaian

VII. Kelompok Jabatan Fungsional
Tugas dari jabatan fungsional antara lain :
a. Di lingkungan Kanreg III BKN trerdapat kelompok jabatan fungsional yang terbagi dalam berbagai kelompok sesuai dengan bidang keahlian atau ketrampilannya
b. Kelompok jabatan fungsional terdiri dari analis kepegawaian, pranata komputer dan jabatan fungsional lainnya
c. Setiap kelompok jabatan fungsional dipimpin oleh seorang tenaga fungsional senior yang ditunjuk oleh Kepala Kanreg III BKN
d. Jumlah tenaga fungsional ditentukan berdasarkan kebutuhan dan beban kerja. Jenis dan jenjang jabatan fungsional ditetapkan sesusi dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Tata Kerja Kanreg III Badan Kepegawaian Negara

Sebagai badan pemerintahan yang bertugas di dalam melaksanakan segala sesuatu yang berhubungan dengan masalah kepegawaian, Badan Kepegawaian Negara terdapat tata kerja yang telah diputuskan pada Keputusan Kepala Badana Kepegawaian Negara No. 59/KEP/2001, tanggal 27 Agustus 2001, yang terdiri dari pasal 36 sampai dengan pasal 44.

a. Dalam melaksanakan tugasnya kepala bagian, kepala bidang, kepala sub bagian/seksi dan kelompok jabatan fungsional wajib menerapkan prinsip koordinasi, integrasi dan sinkronisasi baik di lingkungan Kanreg III BKN sesuia dengan tugas masing-masing.
b. Setiap pimpinan sutu organisasi wajib mengawasi bawahannya masing-masing dan apabila terjadi penyimpangan agar mengambil langkah-langkah yang diperlukan sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
c. Setiap pimpinan satuan organisasi di lingkungan Kanreg III BKN bertanggung jawab memimpin dan mengkoordinasikan bawahannya masing-masing dan memberikan bimbingan serta petunjuk bagi pelaksanaan tugas bawahannya.
d. Kepala bagian, kepala bidang, dan kepala sub bagian/seksi wajib mengikuti dan mematuhi petunjuk serta bertanggung jawab kepada atasannya dan menyampaikan laporan berkala tepat pada waktunya.
e. Setiap laporan yang diterima oleh pimpinan satuan organisasi dari bawahannya, wajib diolah dan dilaporkan lebih lanjut dan untuk memberikan petunjuk bagi bawahan.
f. Kepala bidang menyampaikan lapaoran kepada kepala melalui kepala bagian uum. Laporan sebagaimana di himpun dan diisi oleh Kepala Bagian Umum sebagai bahan laporan Kepala.
g. Setiap laporan kepada atasan tembusan wajib disampaikan kepada satuan organisasi lain yang secara fungsional mempunyai hubungan kerja.
h. Dalam melaksanakan tugasnya, setiap pimpinan satuan organisasi dibantu oleh kepala satuan organisasi bawahannya dan dalam rangka pemberian bimbingan kepada bawahan, wajib mengadakan rapat berkala.
i. Pembagian tugas dan beban kerja bagi masing-masing seksi sebagaimana yang diinginkan diatur dan dilanjutkan dengan keputusan Kepala Kanreg III BKN yang bersangkutan.
j. Apabila terjadi perubahan tehadap tata kerja BKN maka hanya sah apabila ditetapkan oleh Kepala BKN setelah terlebih dahulu mendapat persetujuan tertulis dari Menteri yang bertanggung jawab di bidang pendayagunaan aparatur Negara.